AT5G55730.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FASCICLIN-like arabinogalactan 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
fasciclin-like arabinogalactan-protein 1 (Fla1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FASCICLIN-like arabinogalactan 1 (FLA1); LOCATED IN: anchored to plasma membrane, cell wall, plasma membrane, anchored to membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FAS1 domain (InterPro:IPR000782); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FASCICLIN-like arabinogalactan 2 (TAIR:AT4G12730.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:22558375..22560392 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44851.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 424 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKKMSSLII IFNILLLLTT QTHAHNVTRL LANHPSFSSF SHFLTQTHLA DEINRRRTIT VCAVDNAAMS ALTSKGYTLS TLKNILSLHV LLDYFGTKKL 101: HQIRDGSALA ATLFQATGAA PGTSGFVNIT DLRGGKVGFG PDGGDLSSFF VKSIEEVPYN ISIIQISRVL PSETAAAPTP APAEMNLTGI MSAHGCKVFA 201: ETLLTNPGAS KTYQESLEGG MTVFCPGDDA MKGFLPKYKN LTAPKKEAFL DFLAVPTYYS MAMLKSNNGP MNTLATDGAN KFELTVQNDG EKVTLKTRIN 301: TVKIVDTLID EQPLAIYATD KVLLPKELFK ASAVEAPAPA PAPEDGDVAD SPKAAKGKAK GKKKKAAPSP DNDPFGDSDS PAEGPDGEAD DATADDAGAV 401: RIIGGAKAGL VVSLLCLFAS SWLL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)