AT2G41980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.934 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein with RING/U-box and TRAF-like domains | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Protein with RING/U-box and TRAF-like domains; FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: multicellular organismal development, ubiquitin-dependent protein catabolic process, protein ubiquitination; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: TRAF-like (InterPro:IPR008974), Seven-in-absentia protein, TRAF-like domain (InterPro:IPR018121), Zinc finger, SIAH-type (InterPro:IPR013010), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Seven In Absentia Homolog-type (InterPro:IPR013323), Seven-in-absentia protein, sina (InterPro:IPR004162), TRAF-type (InterPro:IPR013322); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: seven in absentia of Arabidopsis 2 (TAIR:AT3G58040.1); Has 1924 Blast hits to 1907 proteins in 703 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1315; Fungi - 12; Plants - 485; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 112 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:17523494..17524692 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34559.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 305 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPGGSALKE ALESNSTGVD YEVKMAKVEA NSKPTKSGSG SIGKFHSSNG VYELLECPVC TNLMYPPIHQ CPNGHTLCSS CKLRVQNTCP TCRYELGNIR 101: CLALEKVAES LEVPCRYQNL GCQDIFPYYS KLKHEQHCRF RSYSCPYAGS ECSVTGDIPT LVDHLKDDHK VDMHDGCTFN HRYVKSNPHE VENATWMLTV 201: FNCFGRQFCL HFEAFQLGMA PVYMAFLRFM GDENEAKKFS YSLEVGAHSR KLTWQGIPRS IRDSHRKVRD SQDGLIIPRN LALYFSGSDK EELKLRVTGR 301: IWKEE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)