AT2G39960.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 ASURE: endoplasmic reticulum What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : Microsomal signal peptidase 25 kDa subunit (SPC25) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
Microsomal signal peptidase 25 kDa subunit (SPC25); FUNCTIONS IN: peptidase activity; INVOLVED IN: signal peptide processing; LOCATED IN: endoplasmic reticulum; EXPRESSED IN: male gametophyte, callus; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Signal peptidase complex subunit 2 (InterPro:IPR009582); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Microsomal signal peptidase 25 kDa subunit (SPC25) (TAIR:AT4G04200.1); Has 283 Blast hits to 281 proteins in 107 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 171; Fungi - 36; Plants - 62; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 14 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr2:-:16681666..16683491 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 21643.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 9.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 192 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEKKTESTN KNVKKANLLD HHSIKHILDE SVSDIVTSRG YKEDVRLSNL KLILGTIIIV VALVAQFYNK KFPENRDFLI GCIALYVVLN AVLQLILYTK 101: EKNAILFTYP PEGSFTSTGL VVSSKLPRFS DQYTLTIDSA DPKSISAGKS VQLTKSVTQW FTKDGVLVEG LFWKDVEALI KNYAEEEPKK KK |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)