AT2G39250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Integrase-type DNA-binding superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a AP2 domain transcription factor that can repress flowering. SNZ and its paralogous gene, SCHLAFMUTZE (SMZ), share a signature with partial complementarity to the miR172 microRNA, whose precursor is induced upon flowering. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SCHNARCHZAPFEN (SNZ); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding, integrase-type (InterPro:IPR016177), Pathogenesis-related transcriptional factor/ERF, DNA-binding (InterPro:IPR001471); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Integrase-type DNA-binding superfamily protein (TAIR:AT3G54990.1); Has 4792 Blast hits to 4254 proteins in 261 species: Archae - 0; Bacteria - 31; Metazoa - 43; Fungi - 6; Plants - 4636; Viruses - 12; Other Eukaryotes - 64 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:16389010..16390931 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36442.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 325 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLDLNLGILS THNEDEDCKV PTSIFIQEED SINPSNDNLS LITFGILKRN VEILPPPPPP PPPPPPSENE LSGPGNEWLD LSSMQRNKQE TLVMKKKSRR 101: GPRSRSSHYR GVTFYRRTGR WESHIWDCGK QVYLGGFDTA YTAARAYDRA AIRFRGLQAD INFIVDDYKQ DIEKMKNLSK EEFVQSLRRA SASLARGGSK 201: YKNTHMRNDH IHLFQNRGLN AAAAKCNEIR KMEGDIKLGA HSKGNEHNDL ELSLGISSSS KVRILEPADY YMGLNRSVTS LHGKPLPGYL PITEIKPLKT 301: VVASSGFPFI TMINPSSLSL SCFDP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)