AT2G38710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AMMECR1 family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
AMMECR1 family; INVOLVED IN: response to salt stress; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: AMMECR1 (InterPro:IPR002733); Has 1012 Blast hits to 1010 proteins in 455 species: Archae - 211; Bacteria - 342; Metazoa - 168; Fungi - 130; Plants - 53; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 108 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:16184517..16186764 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24245.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 214 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVSANREMAV YCFDTLVSHY NNEETPPPAF EEANHPLFVT WKKIVNGGEP RLRGCIGTLE ARRLISGFKD YALTSALRDR RFPPIQAKEL PSLQCTVSVL 101: TDYEDAEDYL DWEVGKHGII IEFTEPETNT KRSATYLPEV PAHEGWTKIE AIDSLVRKAG YNGVITEAVR RRINLTRYQS TLFSMHYSEY LSYVKATRGV 201: VGPVINGINK HAFA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)