AT2G36050.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : ovate family protein 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ovate family protein 15 (OFP15); LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: sepal, carpel, stamen; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF623 (InterPro:IPR006458); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ovate family protein 18 (TAIR:AT3G52540.1); Has 245 Blast hits to 245 proteins in 17 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 244; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:15135852..15136637 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29069.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 261 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKLPFLNKNH STSSYSSNSS SSSWPWPSCN QNPKTLSFRA TITFTNPIHD QDDDELDLLD PPEITDSVEN VIKGLRSSER LIFESKGETN SILEEATSKR 101: EEEDEEEGFM LFSLESDDPY SDFKRSMEEM VEAHALHHDW KSLEKLLLQF LKVNAKTSHR YIFAAFVDLL MNLALDTKKA IINNDISKDD GVSASRAAAA 201: GEASTSCCNS MTLGESPSSP LSFYTSCSSS SSSDETSSMS VRFLPLSSLL EMDEKTKEIL V |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)