AT2G42870.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : phy rapidly regulated 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes PHYTOCHROME RAPIDLY REGULATED1 (PAR1), an atypical basic helix-loop-helix (bHLP) protein. Closely related to PAR2 (At3g58850). Up regulated after simulated shade perception. Acts in the nucleus to control plant development and as a negative regulator of shade avoidance response. Functions as transcriptional repressor of auxin-responsive genes SAUR15 (AT4G38850) and SAUR68 (AT1G29510). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PHY RAPIDLY REGULATED 1 (PAR1); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phy rapidly regulated 2 (TAIR:AT3G58850.1); Has 99 Blast hits to 99 proteins in 11 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 99; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:17836831..17837187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 13151.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 118 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEETLATPDA TRRSLSPSCS ATVKSRAAGF ERRTKRRLSE TNASVREDRE EAEEEEDEVK EKIEALQRII PGGAALGVDA LFEETAGYIL SLQCQIKTIK 101: VLTSFLQRID QEDMKFGG |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)