AT5G67110.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a myc/bHLH transcription factor-like protein. Gene product is involved in fruit dehiscence. Mutant siliques fail to dehisce. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ALCATRAZ (ALC); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Helix-loop-helix DNA-binding domain (InterPro:IPR001092), Helix-loop-helix DNA-binding (InterPro:IPR011598); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein (TAIR:AT4G36930.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:26785332..26786338 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22964.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 210 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGDSDVGDRL PPPSSSDELS SFLRQILSRT PTAQPSSPPK STNVSSAETF FPSVSGGAVS SVGYGVSETG QDKYAFEHKR SGAKQRNSLK RNIDAQFHNL 101: SEKKRRSKIN EKMKALQKLI PNSNKTDKAS MLDEAIEYLK QLQLQVQTLA VMNGLGLNPM RLPQVPPPTH TRINETLEQD LNLETLLAAP HSLEPAKTSQ 201: GMCFSTATLL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)