AT5G03500.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Mediator complex, subunit Med7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Mediator complex, subunit Med7; FUNCTIONS IN: RNA polymerase II transcription mediator activity; INVOLVED IN: regulation of transcription from RNA polymerase II promoter; LOCATED IN: mediator complex; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mediator complex, subunit Med7 (InterPro:IPR009244); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Mediator complex, subunit Med7 (TAIR:AT5G03220.1); Has 402 Blast hits to 400 proteins in 187 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 139; Fungi - 158; Plants - 58; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 47 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:876673..877660 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19300.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 168 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATATYPPPP PYYRLYKDFS ENTDSAPEPP PPIEGTYVCF GGNYTTEDVL PSLEEQGVPQ LYPKDSNLDY KKELRSLNRE LQLHILELAD VLVDRPSQYA 101: KRIGEISSIF KNLHHLLNSL RPHQARATLI HIMELQIQQR KQAVEDIKRR REEAQGLLKD AFVTLDGQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)