AT2G30424.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Homeodomain-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
In a tandem repeat with AT2g30432 (TCL1) and AT2g30420 (ETC2) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TRICHOMELESS 2 (TCL2); FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287), Myb transcription factor (InterPro:IPR015495); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Homeodomain-like superfamily protein (TAIR:AT2G30432.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:12964506..12965468 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 12219.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 100 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MDNTNRLRHL RSRKQSKFTL GDTAEVNSVK WEFINMTEQE EDLIFRMHRL VGDRWDLIAG RVVGREAKDI ERYWIMRNCD HCSHKRRRVH KFYRFSISPP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)