AT2G29980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.775 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : fatty acid desaturase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Endoplasmic reticulum enzyme responsible for the synthesis of 18:3 fatty acids from phospholipids. Uses cytochrome b5 as electron donor. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
fatty acid desaturase 3 (FAD3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF3474 (InterPro:IPR021863), Fatty acid desaturase, type 1 (InterPro:IPR005804); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: fatty acid desaturase 8 (TAIR:AT5G05580.1); Has 2578 Blast hits to 2575 proteins in 659 species: Archae - 0; Bacteria - 965; Metazoa - 19; Fungi - 262; Plants - 918; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 414 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:12781787..12784946 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44079.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 386 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVVAMDQRTN VNGDPGAGDR KKEERFDPSA QPPFKIGDIR AAIPKHCWVK SPLRSMSYVV RDIIAVAALA IAAVYVDSWF LWPLYWAAQG TLFWAIFVLG 101: HDCGHGSFSD IPLLNSVVGH ILHSFILVPY HGWRISHRTH HQNHGHVEND ESWVPLPERV YKKLPHSTRM LRYTVPLPML AYPLYLCYRS PGKEGSHFNP 201: YSSLFAPSER KLIATSTTCW SIMFVSLIAL SFVFGPLAVL KVYGVPYIIF VMWLDAVTYL HHHGHDEKLP WYRGKEWSYL RGGLTTIDRD YGIFNNIHHD 301: IGTHVIHHLF PQIPHYHLVD ATKAAKHVLG RYYREPKTSG AIPIHLVESL VASIKKDHYV SDTGDIVFYE TDPDLYVYAS DKSKIN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)