AT2G28305.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Putative lysine decarboxylase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
LONELY GUY 1 (LOG1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Conserved hypothetical protein CHP00730 (InterPro:IPR005269); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: lysine decarboxylase family protein (TAIR:AT2G37210.1); Has 5303 Blast hits to 5301 proteins in 1556 species: Archae - 26; Bacteria - 3660; Metazoa - 10; Fungi - 132; Plants - 396; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1079 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:12081186..12084307 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23204.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 213 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEIESKFKRI CVFCGSSAGN KVSYKDAAIE LGTELVSRNI DLVYGGGSIG LMGLISQAVF NGGRHVIGVI PKTLMPREIT GETVGEVKAV ADMHQRKAEM 101: AKHSDAFIAL PGGYGTLEEL LEVITWAQLG IHDKPVGLLN VEGYYNSLLS FIDKAVEEGF ISPTARHIIV SAPSAKELVK KLEDYVPRHE KVASKKSWEM 201: EQIGLSPTCE ISR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)