AT2G27230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : transcription factor-related | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a nuclear-localized transcriptional activator with weak sequence similarity to basic helix-loop-helix(bHLH)-domain proteins. It promotes the production of stele cells in root meristems and is required to establish and maintain the normal vascular cell number and pattern in primary and lateral roots. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
LONESOME HIGHWAY (LHW); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Helix-loop-helix DNA-binding domain (InterPro:IPR001092); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Serine/threonine-protein kinase WNK (With No Lysine)-related (TAIR:AT1G64625.3); Has 448 Blast hits to 377 proteins in 66 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 446; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:11650895..11653840 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71774.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 650 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGVLLREALR SMCVNNQWSY AVFWKIGCQN SSLLIWEECY NETESSSNPR RLCGLGVDTQ GNEKVQLLTN RMMLNNRIIL VGEGLVGRAA FTGHHQWILA 101: NSFNRDVHPP EVINEMLLQF SAGIQTVAVF PVVPHGVVQL GSSLPIMENL GFVNDVKGLI LQLGCVPGAL LSENYRTYEP AADFIGVPVS RIIPSQGHKI 201: LQSSAFVAET SKQHFNSTGS SDHQMVEESP CNLVDEHEGG WQSTTGFLTA GEVAVPSNPD AWLNQNFSCM SNVDAAEQQQ IPCEDISSKR SLGSDDLFDM 301: LGLDDKNKGC DNSWGVSQMR TEVLTRELSD FRIIQEMDPE FGSSGYELSG TDHLLDAVVS GACSSTKQIS DETSESCKTT LTKVSNSSVT TPSHSSPQGS 401: QLFEKKHGQP LGPSSVYGSQ ISSWVEQAHS LKREGSPRMV NKNETAKPAN NRKRLKPGEN PRPRPKDRQM IQDRVKELRE IIPNGAKCSI DALLERTIKH 501: MLFLQNVSKH SDKLKQTGES KIMKEDGGGA TWAFEVGSKS MVCPIVVEDI NPPRIFQVEM LCEQRGFFLE IADWIRSLGL TILKGVIETR VDKIWARFTV 601: EASRDVTRME IFMQLVNILE QTMKCGGNSK TILDGIKATM PLPVTGGCSM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)