AT2G25710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.974 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : holocarboxylase synthase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes holocarboxylase synthase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
holocarboxylase synthase 1 (HCS1); FUNCTIONS IN: biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: protein modification process; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Biotin protein ligase, C-terminal (InterPro:IPR003142), Biotin/lipoate A/B protein ligase (InterPro:IPR004143), Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase (InterPro:IPR004408); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: holocarboxylase synthetase 2 (TAIR:AT1G37150.2); Has 6062 Blast hits to 6058 proteins in 2314 species: Archae - 226; Bacteria - 4056; Metazoa - 119; Fungi - 135; Plants - 62; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1464 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:10952719..10955061 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41221.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 367 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEAVRSTTTL SNFHLLNILV LRSLKPLHRL SFSFSASAME SDASCSLVLC GKSSVETEVA KGLKNKNSLK LPDNTKVSLI LESEAKNLVK DDDNSFNLSL 101: FMNSIITHRF GRFLIWSPRL SSTHDVVSHN FSELPVGSVC VTDIQFKGRG RTKNVWESPK GCLMYSFTLE MEDGRVVPLI QYVVSLAVTE AVKDVCDKKG 201: LPYIDVKIKW PNDLYVNGLK VGGILCTSTY RSKKFNVSVG VGLNVDNGQP TTCLNAVLKG MAPESNLLKR EEILGAFFHK FEKFFDLFMD QGFKSLEELY 301: YRTWLHSEQR VIVEDKVEDQ VVQNVVTIQG LTSSGYLLAV GDDNQMYELH PDGNSFDFFK GLVRRKI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)