AT1G01860.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal RNA adenine dimethylase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
dimethyladenosine transferase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PALEFACE 1 (PFC1); FUNCTIONS IN: mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity; INVOLVED IN: response to cold; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal (InterPro:IPR020598), Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site (InterPro:IPR020596), Ribosomal RNA adenine methylase transferase (InterPro:IPR001737); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal RNA adenine dimethylase family protein (TAIR:AT5G66360.2); Has 9632 Blast hits to 9628 proteins in 3006 species: Archae - 228; Bacteria - 6144; Metazoa - 264; Fungi - 142; Plants - 116; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2738 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:304439..306275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38024.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 343 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMNAVITSAT INCNSLSPSW TCGDNSPSKL LLGEISAALS RRRTVKVSCG KSSPDDYHST LKSLNSRGRF PRKSLGQHYM LNSDINDQLA SAADVKEGDF 101: VLEIGPGTGS LTNVLINLGA TVLAIEKDPH MVDLVSERFA GSDKFKVLQE DFVKCHIRSH MLSILETRRL SHPDSALAKV VSNLPFNIST DVVKLLLPMG 201: DIFSKVVLLL QDEAALRLVE PALRTSEYRP INILINFYSE PEYNFRVPRE NFFPQPKVDA AVVTFKLKHP RDYPDVSSTK NFFSLVNSAF NGKRKMLRKS 301: LQHISSSPDI EKALGVAGLP ATSRPEELTL DDFVKLHNVI ARE |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)