AT1G60990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Glycine cleavage T-protein family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Glycine cleavage T-protein family; FUNCTIONS IN: aminomethyltransferase activity; INVOLVED IN: glycine catabolic process, glycine decarboxylation via glycine cleavage system; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Folate-binding, YgfZ (InterPro:IPR017703), Glycine cleavage T-protein, N-terminal (InterPro:IPR006222), Glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel (InterPro:IPR013977); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Glycine cleavage T-protein family (TAIR:AT1G11860.3); Has 8503 Blast hits to 8501 proteins in 1606 species: Archae - 129; Bacteria - 4545; Metazoa - 161; Fungi - 80; Plants - 109; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3479 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:22462771..22465416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47011.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 432 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNLLQSCKDM AMMMRIDSVS HITNTALLPC LYNGTVLRRR SLSLRKCGFR ERKFQLRCVS ASSDSLQFDF SPPPIDHDFL DTISVSGGKV SEDGVVESFD 101: NDDEALDAFD NGVVVVDLSH FGRIRVSGDD RAHFLHNQTT ANFESLYEGQ GCDTVFVTPT ARTIDIAHAW IMKNAILLTV SPTTCQSIIE MLNKYIFFAD 201: KVEIKDITKQ TCLFALAGPK SNQIMSKLNL GDLIGQPYGR HQHYSFDGMP ITVGVGSLIS DEGFTMLMSP GGAVSVWKTL LAEGAIPMGS VAWEKLRITQ 301: GRPAPERELS KEFNVLEAGL WNSISLNKGC YKGQETIARL MTYDGIKQRL CGLNLSAPSE PGSTITVDGK KVGKLTSYTG GKNGSGHFGL GYIKKQAASI 401: GNTVTVGEDI SGIVSEVPYL ARQHPPSANS SS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)