AT2G23150.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 ASURE: vacuole What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : natural resistance-associated macrophage protein 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the Nramp2 metal transporter family; like its homolog Atnramp4, localized in vacuolar membrane. Seedlings of double mutant, atnramp3-1 atnramp4-1, were arrested at early germination. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
natural resistance-associated macrophage protein 3 (NRAMP3); FUNCTIONS IN: manganese ion transmembrane transporter activity, inorganic anion transmembrane transporter activity, metal ion transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: in 10 processes; LOCATED IN: vacuolar membrane, plasma membrane, vacuole; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Natural resistance-associated macrophage protein (InterPro:IPR001046); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: natural resistance associated macrophage protein 4 (TAIR:AT5G67330.1); Has 4997 Blast hits to 4957 proteins in 1529 species: Archae - 118; Bacteria - 3577; Metazoa - 372; Fungi - 260; Plants - 341; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 329 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:9856422..9858565 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56141.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 509 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPQLENNEPL LINEEEEEET AYDETEKVHI VRNEEEDDLE HGVGCGGAPP FSWKKLWLFT GPGFLMSIAF LDPGNLEGDL QAGAVAGYSL LWLLMWATAM 101: GLLVQLLSAR LGVATGRHLA ELCRDEYPTW ARMVLWVMAE LALIGSDIQE VIGSAIAIKI LSNGILPLWA GVVITALDCF VFLFLENYGI RKLEAVFAVL 201: IATMGVSFAW MFGQAKPSGS ELLIGILVPK LSSRTIQKAV GVVGCIIMPH NVFLHSALVQ SREVDKRQKY RVQEALNYYT IESTIALFIS FLINLFVTTV 301: FAKGFYNTDL ANSIGLVNAG QYLQEKYGGG VFPILYIWAI GLLAAGQSST ITGTYAGQFI MGGFLNFKMK KWLRALITRS CAIIPTIIVA LVFDSSEATL 401: DVLNEWLNVL QSIQIPFALI PLLCLVSKEQ IMGSFKIGPL YKTIAWLVAA LVIMINGYLL LEFFSNEVSG IVYTGFVTLF TASYGAFILY LIARGITFTP 501: WPFKAESSH |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)