AT5G11520.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (peroxisomal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : aspartate aminotransferase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the chloroplastic isozyme of aspartate aminotransferase. Involved in aspartate biosynthesis and nitrogen metabolism. mRNA is expressed in senescing leaves. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
aspartate aminotransferase 3 (ASP3); FUNCTIONS IN: L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity; INVOLVED IN: leaf senescence, nitrogen compound metabolic process; LOCATED IN: peroxisome, plastid, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminotransferase, class I/classII (InterPro:IPR004839), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site (InterPro:IPR004838), Aspartate/other aminotransferase (InterPro:IPR000796), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: aspartate aminotransferase 2 (TAIR:AT5G19550.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:3685257..3687721 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48957.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 449 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKTTHFSSSS SSDRRIGALL RHLNSGSDSD NLSSLYASPT SGGTGGSVFS HLVQAPEDPI LGVTVAYNKD PSPVKLNLGV GAYRTEEGKP LVLNVVRKAE 101: QQLINDRTRI KEYLPIVGLV EFNKLSAKLI LGADSPAIRE NRITTVECLS GTGSLRVGGE FLAKHYHQKT IYITQPTWGN HPKIFTLAGL TVKTYRYYDP 201: ATRGLNFQGL LEDLGAAAPG SIVLLHACAH NPTGVDPTIQ QWEQIRKLMR SKGLMPFFDS AYQGFASGSL DTDAKPIRMF VADGGECLVA QSYAKNMGLY 301: GERVGALSIV CKSADVAGRV ESQLKLVIRP MYSSPPIHGA SIVAVILRDK NLFNEWTLEL KAMADRIISM RKQLFEALRT RGTPGDWSHI IKQIGMFTFT 401: GLNPAQVSFM TKEYHIYMTS DGRISMAGLS SKTVPHLADA IHAVVTKAV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)