AT5G17380.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Thiamine pyrophosphate dependent pyruvate decarboxylase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Thiamine pyrophosphate dependent pyruvate decarboxylase family protein; FUNCTIONS IN: pyruvate decarboxylase activity, magnesium ion binding, thiamin pyrophosphate binding, transferase activity, catalytic activity; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: TPP-binding enzyme, conserved site (InterPro:IPR000399), Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain (InterPro:IPR012000), Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain (InterPro:IPR012001), Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding (InterPro:IPR011766); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chlorsulfuron/imidazolinone resistant 1 (TAIR:AT3G48560.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:5724920..5726720 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61473.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 572 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADKSETTPP SIDGNVLVAK SLSHLGVTHM FGVVGIPVTS LASRAMALGI RFIAFHNEQS AGYAASAYGY LTGKPGILLT VSGPGCVHGL AGLSNAWVNT 101: WPMVMISGSC DQRDVGRGDF QELDQIEAVK AFSKLSEKAK DVREIPDCVS RVLDRAVSGR PGGCYLDIPT DVLRQKISES EADKLVDEVE RSRKEEPIRG 201: SLRSEIESAV SLLRKAERPL IVFGKGAAYS RAEDELKKLV EITGIPFLPT PMGKGLLPDT HEFSATAARS LAIGKCDVAL VVGARLNWLL HFGESPKWDK 301: DVKFILVDVS EEEIELRKPH LGIVGDAKTV IGLLNREIKD DPFCLGKSNS WVESISKKAK ENGEKMEIQL AKDVVPFNFL TPMRIIRDAI LAVEGPSPVV 401: VSEGANTMDV GRSVLVQKEP RTRLDAGTWG TMGVGLGYCI AAAVASPDRL VVAVEGDSGF GFSAMEVETL VRYNLAVVII VFNNGGVYGG DRRGPEEISG 501: PHKEDPAPTS FVPNAGYHKL IEAFGGKGYI VETPDELKSA LAESFAARKP AVVNVIIDPF AGAESGRLQH KN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)