AT2G22260.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family protein; FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity; INVOLVED IN: metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT2G22270.1); Has 1561 Blast hits to 1561 proteins in 515 species: Archae - 0; Bacteria - 839; Metazoa - 118; Fungi - 181; Plants - 86; Viruses - 14; Other Eukaryotes - 323 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:9461342..9463053 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35516.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 314 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTNPLNSTAA NRSNQPSSDG ISDGQITNEE AESLINKKNC SGHKLKEVTD SDTFSDNGKD DSDTKKRFHY HQDQRRMSLT SIVAVESPSS SNAPSRKTID 101: LGHGSDLIYI QRFLPFQQSW TFFDYLDKHI PWTRPTIRVF GRSCLQPRDT CYVASSGLTA LVYSGYRPTS YSWDDFPPLK EILDAIYKVL PGSRFNSLLL 201: NRYKGASDYV AWHADDEKIY GPTPEIASVS FGCERDFVLK KKKDEESSQG KTGDSGPAKK RLKRSSREDQ QSLTLKHGSL LVMRGYTQRD WIHSVPKRAK 301: AEGTRINLTF RLVL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)