AT1G80420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : BRCT domain-containing DNA repair protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ATXRCC1; FUNCTIONS IN: transcription coactivator activity; INVOLVED IN: DNA repair; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: BRCT (InterPro:IPR001357); Has 261 Blast hits to 261 proteins in 81 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 156; Fungi - 25; Plants - 49; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 31 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:30235444..30237163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39839.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 353 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSQKRNLPSW MSSRDPEITP SKSHCKKPKD EGPTEEHNSR NAPSNKSEHA EPSSNTTEFS KLMEGVVFVL SGFVNPERST LRSQALTMGA TYQPDWNAGS 101: TLLICAFPNT PKFRQVETNG GTIISKEWIT ECYAQKKLVD IEQYLMHAGK PWRKSSSPQD ANREKREHLS KKPEKQVEKK TETRGTPSTS SKNRSACNLV 201: KEPFFVTEVK KWARDDLSQT ISWLESQEEK PEPGEIKRIA AEGVLTCLQD AIDSLEQKQD IGSVTELWSF VPRVVKELGK MESSSKKENS TASKEEVCKQ 301: AKSWKKIYEA ELAKPGEDES TSRVACGYDS DMTVEMTEEE IELAYRNVSL ECL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)