AT1G79460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Terpenoid cyclases/Protein prenyltransferases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes for a protein with ent-kaurene synthase B activity which catalyzes the second step in the cyclization of GGPP to ent-kaurene in the gibberellins biosynthetic pathway. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GA REQUIRING 2 (GA2); FUNCTIONS IN: ent-kaurene synthase activity; INVOLVED IN: gibberellin biosynthetic process, gibberellic acid mediated signaling pathway; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast, plastid; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Terpene synthase, metal-binding domain (InterPro:IPR005630), Terpenoid synthase (InterPro:IPR008949), Terpenoid cylases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid (InterPro:IPR008930), Terpene synthase-like (InterPro:IPR001906); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: terpene synthase 04 (TAIR:AT1G61120.1); Has 2032 Blast hits to 2016 proteins in 248 species: Archae - 0; Bacteria - 69; Metazoa - 0; Fungi - 62; Plants - 1897; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:29890568..29894436 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 89626.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 785 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSINLRSSGC SSPISATLER RLDSEVQTRA NNVSFEQTKE KIRKMLEKVE LSVSAYDTSW VAMVPSPSSQ NAPLFPQCVK WLLDNQHEDG SWGLDNHDHQ 101: SLKKDVLSST LASILALKKW GIGERQINKG LQFIELNSAL VTDETIQKPT GFDIIFPGMI KYARDLNLTI PLGSEVVDDM IRKRDLDLKC DSEKFSKGRE 201: AYLAYVLEGT RNLKDWDLIV KYQRKNGSLF DSPATTAAAF TQFGNDGCLR YLCSLLQKFE AAVPSVYPFD QYARLSIIVT LESLGIDRDF KTEIKSILDE 301: TYRYWLRGDE EICLDLATCA LAFRLLLAHG YDVSYDPLKP FAEESGFSDT LEGYVKNTFS VLELFKAAQS YPHESALKKQ CCWTKQYLEM ELSSWVKTSV 401: RDKYLKKEVE DALAFPSYAS LERSDHRRKI LNGSAVENTR VTKTSYRLHN ICTSDILKLA VDDFNFCQSI HREEMERLDR WIVENRLQEL KFARQKLAYC 501: YFSGAATLFS PELSDARISW AKGGVLTTVV DDFFDVGGSK EELENLIHLV EKWDLNGVPE YSSEHVEIIF SVLRDTILET GDKAFTYQGR NVTHHIVKIW 601: LDLLKSMLRE AEWSSDKSTP SLEDYMENAY ISFALGPIVL PATYLIGPPL PEKTVDSHQY NQLYKLVSTM GRLLNDIQGF KRESAEGKLN AVSLHMKHER 701: DNRSKEVIIE SMKGLAERKR EELHKLVLEE KGSVVPRECK EAFLKMSKVL NLFYRKDDGF TSNDLMSLVK SVIYEPVSLQ EESLT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)