AT1G78310.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : VQ motif-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
VQ motif-containing protein; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: VQ (InterPro:IPR008889); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: VQ motif-containing protein (TAIR:AT2G35230.1); Has 2188 Blast hits to 1760 proteins in 229 species: Archae - 0; Bacteria - 55; Metazoa - 822; Fungi - 398; Plants - 644; Viruses - 80; Other Eukaryotes - 189 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:29464003..29464938 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33578.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 311 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDKSCNSSGD SSAVSASATS STGNNTTNRD HYLRQLNKLS HKISKPTNSS SSVSVANREI DLPPPPPLQI NQGNLHQHQP PVYNINKNDF RDVVQKLTGS 101: PAHERISAPP QQPIHHPKPQ QSSRLHRIRP PPLVHVINRP PGLLNDALIP QGSHHMNQNW TGVGFNLRPT APLSPLPPLP PVHAAAESPV SSYMRYLQNS 201: MFAIDSNRKE FSGLSPLAPL VSPRWYQQQE NAPPSQHNSF PPPHPPPPSS AVSQTVPTSI PAPPLFGCSS SPKSPYGLLS PSILLSPSSG QLGFPVSPTT 301: VPLPSPKYKG H |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)