AT1G71980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protease-associated (PA) RING/U-box zinc finger family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Protease-associated (PA) RING/U-box zinc finger family protein; FUNCTIONS IN: peptidase activity, zinc ion binding; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protease-associated PA (InterPro:IPR003137), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protease-associated (PA) RING/U-box zinc finger family protein (TAIR:AT1G22670.1); Has 15658 Blast hits to 9675 proteins in 411 species: Archae - 0; Bacteria - 271; Metazoa - 3014; Fungi - 1211; Plants - 4865; Viruses - 29; Other Eukaryotes - 6268 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:27098250..27099881 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48813.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 448 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNRALVLLLY VCTVSCLASS KVILMRNNIT LSFDDIEANF APSVKGTGEI GVVYVAEPLD ACQNLMNKPE QSSNETSPFV LIVRGGCSFE EKVRKAQRAG 101: FKAAIIYDNE DRGTLIAMAG NSGGIRIHAV FVTKETGEVL KEYAGFPDTK VWLIPSFENS AWSIMAVSFI SLLAMSAVLA TCFFVRRHRI RRRTSRSSRV 201: REFHGMSRRL VKAMPSLIFS SFHEDNTTAF TCAICLEDYT VGDKLRLLPC CHKFHAACVD SWLTSWRTFC PVCKRDARTS TGEPPASEST PLLSSAASSF 301: TSSSLHSSVR SSALLIGPSL GSLPTSISFS PAYASSSYIR QSFQSSSNRR SPPISVSRSS VDLRQQAASP SPSPSQRSYI SHMASPQSLG YPTISPFNTR 401: YMSPYRPSPS NASPAMAGSS NYPLNPLRYS ESAGTFSPYA SANSLPDC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)