AT4G27470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.527 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING membrane-anchor 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a RING finger E3 ubiquitin ligase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RING membrane-anchor 3 (RMA3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING membrane-anchor 1 (TAIR:AT4G03510.2); Has 2828 Blast hits to 2826 proteins in 265 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1348; Fungi - 459; Plants - 695; Viruses - 22; Other Eukaryotes - 304 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:13735576..13736307 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26985.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 243 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEGNFFIRSD AQRAHDNGFI AKQKPNLTTA PTAGQANESG CFDCNICLDT AHDPVVTLCG HLFCWPCIYK WLHVQLSSVS VDQHQNNCPV CKSNITITSL 101: VPLYGRGMSS PSSTFGSKKQ DALSTDIPRR PAPSALRNPI TSASSLNPSL QHQTLSPSFH NHQYSPRGFT TTESTDLANA VMMSFLYPVI GMFGDLVYTR 201: IFGTFTNTIA QPYQSQRMMQ REKSLNRVSI FFLCCIILCL LLF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)