AT1G67560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : PLAT/LH2 domain-containing lipoxygenase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
PLAT/LH2 domain-containing lipoxygenase family protein; FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen, lipoxygenase activity, iron ion binding, metal ion binding; INVOLVED IN: oxidation reduction, growth; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lipoxygenase, iron binding site (InterPro:IPR020833), Lipoxygenase, C-terminal (InterPro:IPR013819), Lipoxygenase, LH2 (InterPro:IPR001024), Lipase/lipooxygenase, PLAT/LH2 (InterPro:IPR008976), Lipoxygenase, conserved site (InterPro:IPR020834), Lipoxygenase (InterPro:IPR000907), Lipoxygenase, plant (InterPro:IPR001246); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PLAT/LH2 domain-containing lipoxygenase family protein (TAIR:AT1G72520.1); Has 1467 Blast hits to 1431 proteins in 179 species: Archae - 0; Bacteria - 76; Metazoa - 533; Fungi - 48; Plants - 781; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 29 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:25319926..25324117 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 104521.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 917 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFVASPVKTN FNGVSLVKSP AFSALSCRKQ HRVPISRQVR AVISREEKAV DQEDGKKSTN KPLINSSQFP WQRSKYTGSK TVTAVVKIRK KIKEKLTERF 101: EHQLELFMKA IGQGMLIQLV SEEIDPETGK GRKSLESPVM GLPKAVKDPR YLVFTADFTV PINFGKPGAI LVTNLLSTEI CLSEIIIEDS TDTILFPANT 201: WIHSKNDNPQ ARIIFRSQPC LPSETPDGIK ELREKDLVSV RGDGKGERKP HERIYDYDVY NDLGDPRKTE RVRPVLGVPE TPYPRRCRTG RPLVSKDPPC 301: ESRGKEKEEF YVPRDEVFEE IKRDTFRAGR FKALFHNLVP SIAAALSNLD IPFTCFSDID NLYKSNIVLG HTEPKDTGLG GFIGGFMNGI LNVTETLLKY 401: DTPAVIKWDR FAWLRDNEFG RQALAGVNPV NIELLKELPI RSNLDPALYG PQESVLTEEI IAREVEHYGT TIEKALEEKR LFLVDYHDIL LPFVEKINSI 501: KEDPRKTYAS RTIFFYSKNG ALRPLAIELS LPPTAESENK FVYTHGHDAT THWIWKLAKA HVCSNDAGVH QLVNHWLRTH ASMEPYIIAT NRQLSTMHPV 601: YKLLHPHMRY TLEINARARK SLINGGGIIE SCFTPGKYAM ELSSAAYKSM WRFDMEGLPA DLVRRGMAEE DSSAECGVRL VIDDYPYAAD GLLIWKAIKD 701: LVESYVKHFY SDSKSITSDL ELQAWWDEIK NKGHYDKKDE PWWPKLNTTQ DLSQILTNMI WIASGQHAAI NFGQYPFGGY VPNRPTLLRK LIPQETDPDY 801: EMFMRNPQYS FLGSLPTQLQ ATKVMAVQET LSTHSPDEEY LIELREVQRH WFQDEQVVKY FNKFSEELVK IEKTINERNK DKKLKNRTGA GMPPYELLLP 901: TSPHGVTGRG IPNSISI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)