AT1G53840.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pectin methylesterase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a pectin methylesterase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pectin methylesterase 1 (PME1); FUNCTIONS IN: pectinesterase activity; INVOLVED IN: cell wall modification; LOCATED IN: extracellular region, plasma membrane, membrane, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectinesterase, active site (InterPro:IPR018040), Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectinesterase inhibitor (InterPro:IPR006501), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pectinesterase family protein (TAIR:AT3G14300.1); Has 3031 Blast hits to 2961 proteins in 324 species: Archae - 8; Bacteria - 582; Metazoa - 1; Fungi - 194; Plants - 2221; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 25 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:20101533..20103458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64152.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 586 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSVNSFKGY GKVDEAQDLA LKKKTRKRLL LLSISVVVLI AVIIAAVVAT VVHKNKNEST PSPPPELTPS TSLKAICSVT RFPESCISSI SKLPSSNTTD 101: PETLFKLSLK VIIDELDSIS DLPEKLSKET EDERIKSALR VCGDLIEDAL DRLNDTVSAI DDEEKKKTLS SSKIEDLKTW LSATVTDHET CFDSLDELKQ 201: NKTEYANSTI TQNLKSAMSR STEFTSNSLA IVSKILSALS DLGIPIHRRR RLMSHHHQQS VDFEKWARRR LLQTAGLKPD VTVAGDGTGD VLTVNEAVAK 301: VPKKSLKMFV IYVKSGTYVE NVVMDKSKWN VMIYGDGKGK TIISGSKNFV DGTPTYETAT FAIQGKGFIM KDIGIINTAG AAKHQAVAFR SGSDFSVYYQ 401: CSFDGFQDTL YPHSNRQFYR DCDVTGTIDF IFGSAAVVFQ GCKIMPRQPL SNQFNTITAQ GKKDPNQSSG MSIQRCTISA NGNVIAPTYL GRPWKEFSTT 501: VIMETVIGAV VRPSGWMSWV SGVDPPASIV YGEYKNTGPG SDVTQRVKWA GYKPVMSDAE AAKFTVATLL HGADWIPATG VINQLS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)