AT1G58470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA-binding protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes an RNA-binding protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RNA-binding protein 1 (RBP1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein (TAIR:AT5G55550.4); Has 25375 Blast hits to 16260 proteins in 820 species: Archae - 0; Bacteria - 1958; Metazoa - 13222; Fungi - 2417; Plants - 5451; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2327 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:21727374..21728539 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40342.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 360 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDYDRYKLFV GGIAKETSEE ALKQYFSRYG AVLEAVVAKE KVTGKPRGFG FVRFANDCDV VKALRDTHFI LGKPVDVRKA IRKHELYQQP FSMQFLERKV 101: QQMNGGLREM SSNGVTSRTK KIFVGGLSSN TTEEEFKSYF ERFGRTTDVV VMHDGVTNRP RGFGFVTYDS EDSVEVVMQS NFHELSDKRV EVKRAIPKEG 201: IQSNNGNAVN IPPSYSSFQA TPYVPEQNGY GMVLQFPPPV FGYHHNVQAV QYPYGYQFTA QVANVSWNNP IMQPTGFYCA PPHPTPPPTN NLGYIQYMNG 301: FDLSGTNISG YNPLAWPVTG DAAGALIHQF VDLKLDVHSQ AHQRMNGGNM GIPLQNGTYI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)