AT1G17790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA-binding bromodomain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DNA-binding bromodomain-containing protein; FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Bromodomain (InterPro:IPR001487); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: global transcription factor group E3 (TAIR:AT1G73150.1); Has 10948 Blast hits to 7134 proteins in 556 species: Archae - 16; Bacteria - 1050; Metazoa - 4460; Fungi - 1290; Plants - 1025; Viruses - 165; Other Eukaryotes - 2942 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:6125532..6127276 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53457.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 487 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSEHISGGG ASKTKKHKWS SSQNRPKPMG VSRQERSVPL VSPSNSFASE DDHHMLKISL SSISKLEVRN LKRKLKSELD EVRSLIKRFD PEANPGGSMA 101: KSGVVGRSKK VKTGNGGGKK SGHGADKGTV QIFKNCNSLL TKLMKHKSAW VFNVPVDAKG LGLHDYHNIV KEPMDLGTVK TKLGKSLYKS PLDFAEDVRL 201: TFNNAILYNP IGHDVYRFAE LLLNMFEDKW VSIEMQYDNL HRKFKPTRDI EFPAPAPSIA PIVEPLPAIV PSPSPSSPPP PPPPPVAAPV LENRTWEREE 301: SMTIPVEPEA VITAPEKAEE EEAPVNNRDL TLEEKRRLSE ELQDLPYDKL ETVVQIIKKS NPELSQKDDE IELDIDSLDI NTLWELYRFV TGYKESLSKK 401: NEAHGFGSER DAESVHNSIQ EPTTLVSGTT TSRVTESGKA IRTSSPARQE NNASGSSSSN SSSSDSGSCS SDTDSDSSSG RGSDNGN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)