AT1G56570.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein (TAIR:AT2G22070.1); Has 40728 Blast hits to 13683 proteins in 261 species: Archae - 0; Bacteria - 8; Metazoa - 114; Fungi - 83; Plants - 40006; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 517 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:21195804..21197721 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68281.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 611 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSITKLARSN AFKPIPNFVR SSLRNAGVES SQNTEYPPYK PKKHHILATN LIVSYFEKGL VEEARSLFDE MPDRDVVAWT AMITGYASSN YNARAWECFH 101: EMVKQGTSPN EFTLSSVLKS CRNMKVLAYG ALVHGVVVKL GMEGSLYVDN AMMNMYATCS VTMEAACLIF RDIKVKNDVT WTTLITGFTH LGDGIGGLKM 201: YKQMLLENAE VTPYCITIAV RASASIDSVT TGKQIHASVI KRGFQSNLPV MNSILDLYCR CGYLSEAKHY FHEMEDKDLI TWNTLISELE RSDSSEALLM 301: FQRFESQGFV PNCYTFTSLV AACANIAALN CGQQLHGRIF RRGFNKNVEL ANALIDMYAK CGNIPDSQRV FGEIVDRRNL VSWTSMMIGY GSHGYGAEAV 401: ELFDKMVSSG IRPDRIVFMA VLSACRHAGL VEKGLKYFNV MESEYGINPD RDIYNCVVDL LGRAGKIGEA YELVERMPFK PDESTWGAIL GACKAHKHNG 501: LISRLAARKV MELKPKMVGT YVMLSYIYAA EGKWVDFARV RKMMRMMGNK KEAGMSWILV ENQVFSFAVS DKMCPNASSV YSVLGLLIEE TREAGYVPEL 601: DSLVNDQEVG T |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)