AT1G51370.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.986 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FBD (InterPro:IPR013596), F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), FBD-like (InterPro:IPR006566), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), Leucine-rich repeat 2 (InterPro:IPR013101); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein (TAIR:AT5G53840.1); Has 2026 Blast hits to 1985 proteins in 24 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 2026; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:19045615..19047141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50490.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 435 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVGGKKKTKI CDKVSHEEDR ISQLPEPLIS EILFHLSTKD SVRTSALSTK WRYLWQSVPG LDLDPYASSN TNTIVSFVES FFDSHRDSWI RKLRLDLGYH 101: HDKYDLMSWI DAATTRRIQH LDVHCFHDNK IPLSIYTCTT LVHLRLRWAV LTNPEFVSLP CLKIMHFENV SYPNETTLQK LISGSPVLEE LILFSTMYPK 201: GNVLQLRSDT LKRLDINEFI DVVIYAPLLQ CLRAKMYSTK NFQIISSGFP AKLDIDFVNT GGRYQKKKVI EDILIDISRV RDLVISSNTW KEFFLYSKSR 301: PLLQFRYISH LNARFYISDL EMLPTLLESC PKLESLILEM VKNQSTRRHG EKREPNVMVS TVPWCLVSSL KFVELKRSIP RYEGEMELVR YVLTNSTVLK 401: KLRLNVYYTK KAKCAFLTEL VAIPRCSSTC VVLVL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)