AT3G16785.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phospholipase D P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the PXPH-PLD subfamily of phospholipase D proteins. This subfamily is novel structurally different from the majority of plant PLDs by having phox homology (PX) and pleckstrin homology (PH) domains. Involved regulating root development in response to nutrient limitation. Does not appear to be involved in root hair patterning. Not induced upon Pi starvation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phospholipase D P1 (PLDP1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phospholipase D, eukaryota (InterPro:IPR016555), Pleckstrin homology-type (InterPro:IPR011993), Phospholipase D (InterPro:IPR015679), Phospholipase D/Transphosphatidylase (InterPro:IPR001736), Pleckstrin homology (InterPro:IPR001849); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phospholipase D P2 (TAIR:AT3G05630.1); Has 3214 Blast hits to 1855 proteins in 548 species: Archae - 2; Bacteria - 1049; Metazoa - 509; Fungi - 676; Plants - 827; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 151 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:5711329..5718696 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 124512.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1096 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MASEQLMSPA SGGGRYFQMQ PEQFPSMVSS LFSFAPAPTQ ETNRIFEELP KAVIVSVSRP DAGDISPVLL SYTIECQYKQ FKWQLVKKAS QVFYLHFALK 0101: KRAFIEEIHE KQEQVKEWLQ NLGIGDHPPV VQDEDADEVP LHQDESAKNR DVPSSAALPV IRPLGRQQSI SVRGKHAMQE YLNHFLGNLD IVNSREVCRF 0201: LEVSMLSFSP EYGPKLKEDY IMVKHLPKFS KSDDDSNRCC GCCWFCCCND NWQKVWGVLK PGFLALLEDP FDAKLLDIIV FDVLPVSNGN DGVDISLAVE 0301: LKDHNPLRHA FKVTSGNRSI RIRAKNSAKV KDWVASINDA ALRPPEGWCH PHRFGSYAPP RGLTDDGSQA QWFVDGGAAF AAIAAAIENA KSEIFICGWW 0401: VCPELYLRRP FDPHTSSRLD NLLENKAKQG VQIYILIYKE VALALKINSV YSKRRLLGIH ENVRVLRYPD HFSSGVYLWS HHEKLVIVDN QVCFIGGLDL 0501: CFGRYDTFEH KVGDNPSVTW PGKDYYNPRE SEPNTWEDAL KDELERKKHP RMPWHDVHCA LWGPPCRDVA RHFVQRWNYA KRNKAPYEDS IPLLMPQHHM 0601: VIPHYMGRQE ESDIESKKEE DSIRGIRRDD SFSSRSSLQD IPLLLPHEPV DQDGSSGGHK ENGTNNRNGP FSFRKSKIEP VDGDTPMRGF VDDRNGLDLP 0701: VAKRGSNAID SEWWETQDHD YQVGSPDETG QVGPRTSCRC QIIRSVSQWS AGTSQVEESI HSAYRSLIDK AEHFIYIENQ FFISGLSGDD TVKNRVLEAL 0801: YKRILRAHNE KKIFRVVVVI PLLPGFQGGI DDSGAASVRA IMHWQYRTIY RGHNSILTNL YNTIGVKAHD YISFYGLRAY GKLSEDGPVA TSQVYVHSKI 0901: MIVDDRAALI GSANINDRSL LGSRDSEIGV LIEDTELVDS RMAGKPWKAG KFSSSLRLSL WSEHLGLRTG EIDQIIDPVS DSTYKEIWMA TAKTNTMIYQ 1001: DVFSCVPNDL IHSRMAFRQS LSYWKEKLGH TTIDLGIAPE KLESYHNGDI KRSDPMDRLK AIKGHLVSFP LDFMCKEDLR PVFNESEYYA SPQVFH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)