AT1G48470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : glutamine synthetase 1;5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes cytosolic glutamine synthase isozyme. Expression of mRNA is not detectable in roots. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
glutamine synthetase 1;5 (GLN1;5); FUNCTIONS IN: glutamate-ammonia ligase activity; INVOLVED IN: nitrogen compound metabolic process, glutamine biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glutamine synthetase, catalytic domain (InterPro:IPR008146), Glutamine synthetase, beta-Grasp (InterPro:IPR008147), Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain (InterPro:IPR014746); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glutamine synthetase 1.3 (TAIR:AT3G17820.1); Has 9330 Blast hits to 9326 proteins in 3052 species: Archae - 119; Bacteria - 4578; Metazoa - 411; Fungi - 235; Plants - 1748; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 2236 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:17913784..17915926 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38909.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 353 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTSPLSDLLN LDLSDTKKII AEYIWIGGSG MDIRSKARTL PGPVSNPTKL PKWNYDGSST DQAAGDDSEV ILYPQAIFKD PFRKGNNILV MCDAYRPAGD 101: PIPTNNRHKA VKIFDHPNVK AEEPWFGIEQ EYTLLKKDVK WPLGWPLGGF PGPQGPYYCA VGADKAFGRD IVDAHYKACL YSGLSIGGAN GEVMPGQWEF 201: QISPTVGIGA GDQLWVARYI LERITEICGV IVSFDPKPIQ GDWNGAAAHT NFSTKSMRKD GGLDLIKEAI KKLEVKHKQH IAAYGEGNER RLTGKHETAD 301: INTFSWGVAD RGASVRVGRD TEKEGKGYFE DRRPSSNMDP YLVTSMIAET TIL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)