AT1G47270.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.990 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : tubby like protein 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of TLP family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tubby like protein 6 (TLP6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), Tubby, C-terminal, conserved site (InterPro:IPR018066), Tubby, C-terminal (InterPro:IPR000007); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tubby like protein 2 (TAIR:AT2G18280.2); Has 947 Blast hits to 938 proteins in 117 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 351; Fungi - 19; Plants - 464; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 113 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:17326828..17328564 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46067.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 413 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDLSLLLPKR SWEISGGADK ISRVAMSLKN IVKNKYKAIG RRGRSHIAPE GSSVSSSLST NEGLNQSIWV DLPPELLLDI IQRIESEQSL WPGRRDVVAC 101: ASVCKSWREM TKEVVKVPEL SGLITFPISL RQPGPRDAPI QCFIKRERAT GIYRLYLGLS PALSGDKSKL LLSAKRVRRA TGAEFVVSLS GNDFSRSSSN 201: YIGKLRSNFL GTKFTVYENQ PPPFNRKLPP SMQVSPWVSS SSSSYNIASI LYELNVLRTR GPRRMQCIMH SIPISAIQEG GKIQSPTEFT NQGKKKKKPL 301: MDFCSGNLGG ESVIKEPLIL KNKSPRWHEQ LQCWCLNFKG RVTVASVKNF QLVAAAAEAG KNMNIPEEEQ DRVILQFGKI GKDIFTMDYR YPISAFQAFA 401: ICLSSFDTKP VCE |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)