AT1G32170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
xyloglucan endotransglycosylase-related protein (XTR4) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 30 (XTH30); FUNCTIONS IN: hydrolase activity, acting on glycosyl bonds, xyloglucan:xyloglucosyl transferase activity, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process, cellular glucan metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system, cell wall, apoplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase (InterPro:IPR016455), Xyloglucan endo-transglycosylase, C-terminal (InterPro:IPR010713), Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup (InterPro:IPR013320), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985), Glycoside hydrolase, family 16 (InterPro:IPR000757); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 29 (TAIR:AT4G18990.1); Has 2058 Blast hits to 2046 proteins in 299 species: Archae - 2; Bacteria - 244; Metazoa - 0; Fungi - 398; Plants - 1344; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 70 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:11575434..11577776 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39890.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 343 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSKSSYNHIF ILILCLCLRS SSAFTNLNTL SFEESLSPLF GDANLVRSPD DLSVRLLLDR YTGSGFISSN MYQHGFYSSM IKLPADYTAG VVVAFYTSNG 101: DVFEKTHDEL DIEFLGNIKG KPWRFQTNLY GNGSTHRGRE ERYRLWFDPS KEFHRYSILW TPHKIIFWVD DVPIREVIRN DAMGADYPAK PMALYATIWD 201: ASDWATSGGK YKANYKFAPF VAEFKSFSLD GCSVDPIQEV PMDCSDSVDF LESQDYSSIN SHQRAAMRRF RQRFMYYSYC YDTLRYPEPL PECVIVPAEK 301: DRFKETGRLK FGGTEARERR RNRRQQRRPE IEIESDPDDR KLL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)