AT1G30480.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 plasma membrane 0.000 ASURE: nucleus,plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : D111/G-patch domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
recombination and DNA-damage resistance protein (DRT111) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DNA-DAMAGE-REPAIR/TOLERATION PROTEIN 111 (DRT111); FUNCTIONS IN: nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: DNA repair; LOCATED IN: chloroplast, nucleus, cytoplasm; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677), D111/G-patch (InterPro:IPR000467), Splicing factor, SPF45 (InterPro:IPR016967); Has 6802 Blast hits to 5609 proteins in 466 species: Archae - 14; Bacteria - 357; Metazoa - 3361; Fungi - 1024; Plants - 621; Viruses - 38; Other Eukaryotes - 1387 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:10790315..10792423 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42320.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 387 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLGGLYGDLP PPTDDEKPSG NSSSVWSSST KMAPPTLRKP PAFAPPQTIL RPLNKPKPIV SAPYKPPPPS NSSQSVLIPA NESAPSHQPA LVGVTSSVIE 101: EYDPARPNDY EEYKREKKRK ATEAEMKREM DKRRQEDEER DKREREEREK ERERDNSDPS RLNISGEEAW KRRAAMSGGG SGGKGRSSSP PGNVDGFSIG 201: KSETSGLGVG AGGQMTAAQR MMAKMGWKQG QGLGKSEQGI TTPLMAKKTD RRAGVIVNAS ENKSSSAEKK VVKSVNINGE PTRVLLLRNM VGPGQVDDEL 301: EDEVGGECGK YGTVTRVLIF EITEPNFPVH EAVRIFVQFS RPEETTKALV DLDGRYFGGR TVRATFYDEE KFSKNELAPV PGEIPGY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)