AT1G17810.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 ASURE: vacuole What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : beta-tonoplast intrinsic protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
beta-tonoplast intrinsic protein (beta-TIP) mRNA, complete | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
beta-tonoplast intrinsic protein (BETA-TIP); FUNCTIONS IN: water channel activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: integral to membrane, membrane; EXPRESSED DURING: seedling growth; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Major intrinsic protein, conserved site (InterPro:IPR022357), Aquaporin (InterPro:IPR012269), Major intrinsic protein (InterPro:IPR000425); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Aquaporin-like superfamily protein (TAIR:AT1G73190.1); Has 10707 Blast hits to 10694 proteins in 2147 species: Archae - 83; Bacteria - 5023; Metazoa - 1508; Fungi - 447; Plants - 2508; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 1136 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:6130209..6131442 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28184.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 267 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATSARRAYG FGRADEATHP DSIRATLAEF LSTFVFVFAG EGSILALDKL YWDTAAHTGT NTPGGLVLVA LAHALALFAA VSAAINVSGG HVNPAVTFAA 101: LIGGRISVIR AIYYWVAQLI GAILACLLLR LATNGLRPVG FHVASGVSEL HGLLMEIILT FALVYVVYST AIDPKRGSIG IIAPLAIGLI VGANILVGGP 201: FDGASMNPAR AFGPALVGWR WSNHWIYWVG PFIGGALAAL IYEYMIIPSV NEPPHHSTHQ PLAPEDY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)