AT1G15330.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.990 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Cystathionine beta-synthase (CBS) protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Cystathionine beta-synthase (CBS) protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cystathionine beta-synthase, core (InterPro:IPR000644); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cystathionine beta-synthase (CBS) family protein (TAIR:AT1G80090.1); Has 526 Blast hits to 526 proteins in 132 species: Archae - 6; Bacteria - 4; Metazoa - 257; Fungi - 91; Plants - 124; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 44 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:5274368..5275499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38598.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 352 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQEEKSKEDH SRLINVTAKD LTVRNRRLVE VPYTATLSHA MNTLVANSIS ALPVAAPPGH WIGAGGSMIM ESDKQTGVVR KHYIGILTML DILAHIAGED 101: SNLSDLDRKM SSQVSSIIGH CLEGLSLWTL NPNTSVLECM EVFSKGIHRA LVPVESSIES NNTIAGVELI ESASAYKMLT QMDLLRFLKD HHFDDLKTVL 201: SRSISDLGAV NDSVYAITER TTVSNAINVM KGALLNAVPI VHAPDIAQED HLQLVNGRHR KVIGTFSATD LKGCRLPELQ TWLPLTALEF TEKTSGKERE 301: VVSCGVESTM EEAIEKVVTR GVHRVWVMDQ QGLLQGVVSL TDIIRSLRST LS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)