AT1G14230.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.276 endoplasmic reticulum 0.269 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : GDA1/CD39 nucleoside phosphatase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GDA1/CD39 nucleoside phosphatase family protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleoside phosphatase GDA1/CD39 (InterPro:IPR000407); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GDA1/CD39 nucleoside phosphatase family protein (TAIR:AT1G14250.1); Has 1467 Blast hits to 1458 proteins in 234 species: Archae - 0; Bacteria - 41; Metazoa - 609; Fungi - 317; Plants - 334; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 166 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:4861497..4863991 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55200.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 503 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQRSNARSRS NINSDMVDPP EVQTSPGNHR SSPSTAAKPK SKRTKSIIFV IVACVTIALG LLFIGYSILR SGRNRRVSLH YSVIIDGGSS GTRVHVFGYR 101: IESGKPVFDF GEENYASLKL SPGLSAYADN PEGVSESVTE LVEFAKKRVH KGKLKKSDIR LMATAGMRLL ELPVQEQILD VTRRVLRSSG FDFRDEWASV 201: ISGSDEGVYA WVVANHALGS LGGEPLKTTG IVELGGASAQ VTFVSTELVP SEFSRTLAYG NVSYNLYSHS FLDFGQDAAQ EKLSESLYNS AANSTGEGIV 301: PDPCIPKGYI LETNLQKDLP GFLADKGKFT ATLQAAGNFS ECRSAAFAML QEEKGKCTYK RCSIGSIFTP NLQGSFLATE NFFHTSKFFG LGEKEWLSEM 401: ILAGKRFCGE EWSKLKVKYP TFKDENLLRY CFSSAYIISM LHDSLGVALD DERIKYASKA GEEDIPLDWA LGAFILNTAT ATFDYSGKSR KILDLSNVAK 501: YKI |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)