AT3G59950.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.991 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Peptidase family C54 protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Peptidase family C54 protein; FUNCTIONS IN: peptidase activity; INVOLVED IN: autophagy; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C54 (InterPro:IPR005078); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Peptidase family C54 protein (TAIR:AT2G44140.1); Has 844 Blast hits to 806 proteins in 218 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 426; Fungi - 182; Plants - 81; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 155 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:22144468..22146887 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52205.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 477 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKAICDRFVP SKCSSSSTSE KRDISSPTSL VSDSASSDNK SNLTLCSDVV ASSSPVSQLC REASTSGHNP VCTTHSSWTV ILKTASMASG AIRRFQDRVL 101: GPSRTGISSS TSEIWLLGVC YKISEGESSE EADAGRVLAA FRQDFSSLIL MTYRRGFEPI GDTTYTSDVN WGCMLRSGQM LFAQALLFQR LGRSWRKKDS 201: EPADEKYLEI LELFGDTEAS AFSIHNLILA GESYGLAAGS WVGPYAVCRS WESLARKNKE ETDDKHKSFS MAVHIVSGSE DGERGGAPIL CIEDVTKTCL 301: EFSEGETEWP PILLLVPLVL GLDRVNPRYI PSLIATFTFP QSLGILGGKP GASTYIVGVQ EDKGFYLDPH DVQQVVTVKK ENQDVDTSSY HCNTLRYVPL 401: ESLDPSLALG FYCQHKDDFD DFCIRATKLA GDSNGAPLFT VTQSHRRNDC GIAETSSSTE TSTEISGEEH EDDWQLL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)