AT1G12260.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NAC 007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a NAC-domain transcription factor. Expressed in the vascular tissue. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NAC 007 (NAC007); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: No apical meristem (NAM) protein (InterPro:IPR003441); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Arabidopsis NAC domain containing protein 26 (TAIR:AT1G62700.1); Has 3158 Blast hits to 3153 proteins in 90 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 15; Fungi - 2; Plants - 3027; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 114 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:4163058..4164486 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45843.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 395 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNSFSHVPPG FRFHPTDEEL VDYYLRKKVA SKRIEIDFIK DIDLYKIEPW DLQELCKIGH EEQSDWYFFS HKDKKYPTGT RTNRATKAGF WKATGRDKAI 101: YLRHSLIGMR KTLVFYKGRA PNGQKSDWIM HEYRLETDEN GTPQEEGWVV CRVFKKRLAA VRRMGDYDSS PSHWYDDQLS FMASELETNG QRRILPNHHQ 201: QQQHEHQQHM PYGLNASAYA LNNPNLQCKQ ELELHYNHLV QRNHLLDESH LSFLQLPQLE SPKIQQDNSN CNSLPYGTSN IDNNSSHNAN LQQSNIAHEE 301: QLNQGNQNFS SLYMNSGNEQ VMDQVTDWRV LDKFVASQLS NEEAATASAS IQNNAKDTSN AEYQVDEEKD PKRASDMGEE YTASTSSSCQ IDLWK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)