AT1G11710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT5G01110.1); Has 45515 Blast hits to 13277 proteins in 292 species: Archae - 2; Bacteria - 53; Metazoa - 430; Fungi - 426; Plants - 43316; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1288 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:3948886..3950859 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 73987.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 657 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFGHVFSRRT SFLVRCFHVA KKFSNPEPED ILFSALCLNL RQRRWNTLHQ FSSSLTNPLI SRVLREFRSS PKLALEFYNW VLRSNTVAKS ENRFEASCVM 101: IHLLVGSRRF DDALSIMANL MSVEGEKLSP LHVLSGLIRS YQACGSSPDV FDSLVRACTQ NGDAQGAYEV IEQTRAEGFC VSVHALNNFM GCLLNVNEID 201: RFWKVYKEMD SLGYVENVNT FNLVIYSFCK ESKLFEALSV FYRMLKCGVW PNVVSFNMMI DGACKTGDMR FALQLLGKMG MMSGNFVSPN AVTYNSVING 301: FCKAGRLDLA ERIRGDMVKS GVDCNERTYG ALVDAYGRAG SSDEALRLCD EMTSKGLVVN TVIYNSIVYW LFMEGDIEGA MSVLRDMNSK NMQIDRFTQA 401: IVVRGLCRNG YVKEAVEFQR QISEKKLVED IVCHNTLMHH FVRDKKLACA DQILGSMLVQ GLSLDAISFG TLIDGYLKEG KLERALEIYD GMIKMNKTSN 501: LVIYNSIVNG LSKRGMAGAA EAVVNAMEIK DIVTYNTLLN ESLKTGNVEE ADDILSKMQK QDGEKSVSLV TFNIMINHLC KFGSYEKAKE VLKFMVERGV 601: VPDSITYGTL ITSFSKHRSQ EKVVELHDYL ILQGVTPHEH IYLSIVRPLL DRENGRP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)