AT1G07740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein (TAIR:AT5G16420.1); Has 40211 Blast hits to 12438 proteins in 276 species: Archae - 2; Bacteria - 44; Metazoa - 539; Fungi - 492; Plants - 37971; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1163 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:2399117..2400496 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52298.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 459 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRRRLSSVLI NNQCIASQRH YHTSRPEKPT KKASSHEPTH KFTRKPWEEV PFLTDLKEIE DPEEALSLFH QYQEMGFRHD YPSYSSLIYK LAKSRNFDAV 101: DQILRLVRYR NVRCRESLFM GLIQHYGKAG SVDKAIDVFH KITSFDCVRT IQSLNTLINV LVDNGELEKA KSFFDGAKDM RLRPNSVSFN ILIKGFLDKC 201: DWEAACKVFD EMLEMEVQPS VVTYNSLIGF LCRNDDMGKA KSLLEDMIKK RIRPNAVTFG LLMKGLCCKG EYNEAKKLMF DMEYRGCKPG LVNYGILMSD 301: LGKRGRIDEA KLLLGEMKKR RIKPDVVIYN ILVNHLCTEC RVPEAYRVLT EMQMKGCKPN AATYRMMIDG FCRIEDFDSG LNVLNAMLAS RHCPTPATFV 401: CMVAGLIKGG NLDHACFVLE VMGKKNLSFG SGAWQNLLSD LCIKDGGVYC EALSEVISI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)