AT1G03457.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein; FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Ribonucleoprotein, BRUNO-like (InterPro:IPR015903), Paraneoplastic encephalomyelitis antigen (InterPro:IPR002343), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding protein-defense related 1 (TAIR:AT4G03110.1); Has 28459 Blast hits to 16672 proteins in 823 species: Archae - 14; Bacteria - 1483; Metazoa - 15787; Fungi - 3162; Plants - 5005; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3008 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:861109..864019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47626.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 429 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAEETMENEE RVKLFVGQVP KHMTEIQLLT LFREFSIVNE VNIIKEKTTR APRGCCFLTC PTREDADKVI NSFHNKKTLP GASSPLQVKY ADGELERLEH 101: KLFVGMLPKN VSETEVQSLF SEYGTIKDLQ ILRGSLQTSK GCLFLKYESK EQAVAAMEAL NGRHIMEGAN VPLIVKWADT EKERQARRLL KVQSHVSRLD 201: PQNPSMFGAL PMSYVPPYNG YGYHVPGTYG YMLPPIQTQH AFHNVISPNQ GNGRALQGTA LTESVPPRLA PRRNFPTALG NYGYHGLQYP MAFPRGMIPP 301: RLPLTTVSPG ISNNGTSIPS SLQTEGPAGA NLFIYNIPRE FEDQELAATF QPFGKVLSAK VFVDKATGIS KCFGFISYDS QAAAQNAINT MNGCQLSGKK 401: LKVQLKRDNG QQQQQQQSKN PLFNGLLNS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)