AT5G55630.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 ASURE: vacuole What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Outward rectifying potassium channel protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes AtTPK1 (KCO1), a member of the Arabidopsis thaliana K+ channel family of AtTPK/KCO proteins. AtTPK1 is targeted to the vacuolar membrane. Forms homomeric ion channels in vivo. Voltage-independent and Ca2+-activated K+ channel. Activated by 14-3-3 proteins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TWO PORE K CHANNEL (KCO1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Potassium channel, two pore-domain (InterPro:IPR003280), EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), Ion transport 2 (InterPro:IPR013099); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ca2+ activated outward rectifying K+ channel 5 (TAIR:AT4G01840.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:22531718..22532893 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40729.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 363 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSDAARTPL LPTEKIDTMA QDFNLNSRTS SSRKRRLRRS RSAPRGDCMY NDDVKIDEPP PHPSKIPMFS DLNPNLRRVI MFLALYLTIG TLCFYLVRDQ 101: ISGHKTSGVV DALYFCIVTM TTVGYGDLVP NSSASRLLAC AFVFSGMVLV GHLLSRAADY LVEKQEALLV RAFHLRQSFG PTDILKELHT NKLRYKCYAT 201: CLVLVVLFIV GTIFLVMVEK MPVISAFYCV CSTVTTLGYG DKSFNSEAGR LFAVFWILTS SICLAQFFLY VAELNTENKQ RALVKWVLTR RITNNDLEAA 301: DLDEDGVVGA AEFIVYKLKE MGKIDEKDIS GIMDEFEQLD YDESGTLTTS DIVLAQTTSQ IQR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)