AT5G48160.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein of unknown function (DUF1423) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a nuclear PHD finger protein that is functionally redundant with OBE1 and plays an important role in the maintenance and/or establishment of the root and shoot apical meristems. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
OBERON2 (OBE2); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: seedling growth, C globular stage, B proembryo stage, D bilateral stage, E expanded cotyledon stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1423, plant (InterPro:IPR004082), Zinc finger, PHD-type (InterPro:IPR001965); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein of unknown function (DUF1423) (TAIR:AT3G07780.1); Has 2495 Blast hits to 2042 proteins in 337 species: Archae - 17; Bacteria - 243; Metazoa - 768; Fungi - 203; Plants - 349; Viruses - 34; Other Eukaryotes - 881 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:19528019..19529820 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 65087.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 574 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGTSSGSNHP HQMLPPRQQQ RSGGGLETAL SLVSSDQEPR RESPAESASS QETWPLGDTV AGKKSMSQKT EPDSMEQTVN VMHHVSNADK VSVRDIARER 101: VELVAERMHR LPDEFLDELK NGLKSILEGN VAQSVDEFMF LQKVVQSRTD LSSVTLVRAH RVQLEILVAI NTGIQAFLHP NISLSQPSLI EIFVYKRCRN 201: IACQNQLPAD DCYCDICTNR KGFCNLCMCT ICNKFDFSVN TCRWIGCDLC SHWTHTDCAI RDGQITTGSS AKNNTSGPGE IVFKCRACNR TSELLGWVKD 301: VFQHCAPNWD RESLMKELDF VSRIFRGSED QRGRKLFWKC EELIDKIKGG LAEATAAKLI LMFFQEIESD SAKSFENGEG GRLMAPQDAC NRIAEVVQET 401: LRKMEIVAEE KMRMFKKARM ALETCDRELE DKAKEVSELK AERQKKKLQI DELERIVRLK QAEADMFQLK ANEAKREADR LQRIVLAKMD KSEEEYASNY 501: LKQRLSEAEA EKQYLFEKIK LQENSRVASQ SSGGGGDPSQ VMMYSKIRDL LQGYNLSPKV DPQLNERNPF RSNP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)