AT4G38360.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.917 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein of unknown function (DUF300) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Protein of unknown function (DUF300); INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF300 (InterPro:IPR005178); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein of unknown function (DUF300) (TAIR:AT1G77220.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:17967389..17969798 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54714.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 485 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDILKSYHLL AAAYSAPAWA SFMAGAFLVL TLSLSLFLVF DHLSTYKNPE EQKFLIGVIL MVPCYSIESF ASLVKPSISV DCGILRDCYE SFAMYCFGRY 101: LVACIGGEER TIEFMERQGR KSFKTPLLDH KDEKGIIKHP FPMNLFLKPW RLSPWFYQVV KFGIVQYMII KSLTALTALI LEAFGVYCEG EFKWGCGYPY 201: LAVVLNFSQS WALYCLVQFY GATKDELAHI QPLAKFLTFK SIVFLTWWQG VAIALLSSLG LFKSSIAQSL QLKTSVQDFI ICIEMGIASV VHLYVFPAKP 301: YGLMGDRFTG SVSVLGDYAS VDCPIDPDEI RDSERPTKVR LPHPDVDIRS GMTIKESMRD VFVGGGEYIV KDVRFTVTQA VEPMEKSITK FNEKLHKISQ 401: NIKKHDKEKR RVKDDSCMSS SPSRRVIRGI DDPLLNGSFS DSGVTRTKKH RRKSGYTSAE SGGESSSDQA YGGFEVRGRR WITKD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)