AT4G01970.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.962 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : stachyose synthase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative stachyose synthetase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
stachyose synthase (STS); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Raffinose synthase (InterPro:IPR008811); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Raffinose synthase family protein (TAIR:AT5G40390.1); Has 728 Blast hits to 457 proteins in 130 species: Archae - 54; Bacteria - 106; Metazoa - 0; Fungi - 85; Plants - 472; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 11 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:854073..856953 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 98016.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 876 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPLHESLSS INDVIESKPL FVPITKPILQ PNSFNLSEGS LCAKDSTPIL FDVPQNVTFT PFSSHSISTD APLPILLRVQ ANAHKGGFLG FTKESPSDRL 101: TNSLGRFEDR EFLSLFRFKM WWSTAWIGKS GSDLQAETQW VMLKIPEIDS YVAIIPTIEG AFRASLTPGE KGNVLICAES GSTKVKESSF KSIAYIHICD 201: NPYNLMKEAF SALRVHMNTF KLLEEKKLPK IVDKFGWCTW DACYLTVDPA TIWTGVKEFE DGGVCPKFVI IDDGWQSINF DGDELDKDAE NLVLGGEQMT 301: ARLTSFKECK KFRNYKGGSF ITSDASHFNP LKPKMLIYKA TERIQAIILR RKLVKESGEQ DLTELDEKIK ILSEELNAMF DEVEKEESLG SDDVSGSGMA 401: AFTKDLRLRF KSLDDIYVWH ALCGAWNGVR PETMMDLKAK VAPFELSPSL GATMADLAVD KVVEAGIGLV HPSKAHEFYD SMHSYLASVG VTGAKIDVFQ 501: TLESLAEEHG GRVELAKAYY DGLTESMIKN FNGTDVIASM QQCNEFFFLA TKQISIGRVG DDFWWQDPYG DPQGVYWLQG VHMIHCSYNS IWMGQMIQPD 601: WDMFQSDHVC AEYHAASRAI CGGPVYLSDH LGKASHNFDL IKKLAFFDGT IPRCVHYALP TRDSLFKNPL FDKESILKIF NFNKFGGVIG TFNCQGAGWS 701: PEEHRFKGYK ECYTTVSGTV HVSDIEWDQN PEAAGSQVTY TGDYLVYKQQ SEEILFMNSK SEAMKITLEP SAFDLLSFVP VTELVSSGVR FAPLGLINMF 801: NCVGTVQDMK VTGDNSIRVD VKGEGRFMAY SSSAPVKCYL NDKEAEFKWE EETGKLSFFV PWVEESGGIS HLSFTF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)