AT1G80570.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.901 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNI-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNI-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype (InterPro:IPR006553); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box/RNI-like superfamily protein (TAIR:AT4G15475.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:30290661..30292231 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53601.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 480 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFIGIAYLGG DRQMDELPDH LVWDILSKLH TTDDRNSLSL SCKRFFSLDN EQRYSLRIGC GLVPASDALL SLCRRFPNLS KVEIIYSGWM SKLGKQVDDQ 101: GLLVLTTNCH SLTDLTLSFC TFITDVGIGH LSSCPELSSL KLNFAPRITG CGVLSLAVGC KKLRRLHLIR CLNVASVEWL EYFGKLETLE ELCIKNCRAI 201: GEGDLIKLRN SWRKLTSLQF EVDANYRYMK VYDQLDVERW PKQLVPCDSL VELSLGNCII APGRGLACVL RNCKNLEKLH LDMCTGVSDS DIIALVQKAS 301: HLRSISLRVP SDFTLPLLNN ITLRLTDESL SAIAQHCSKL ESFKISFSDG EFPSLFSFTL QGIITLIQKC PVRELSLDHV CVFNDMGMEA LCSAQKLEIL 401: ELVHCQEVSD EGLILVSQFP SLNVLKLSKC LGVTDDGMRP LVGSHKLELL VVEDCPQVSR RGVHGAATSV SFKQDLSWMY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)