AT1G52500.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : MUTM homolog-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of the splice variants of Arabidopsis thaliana MutM homolog. Encodes a formamidopyrimidine-DNA glycosylase that has abasic lyase activity and is able to nick double- stranded oligonucleotides containing 8-oxo-7,8-dihydroguanine (8-oxoG) in vitro. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
MUTM homolog-1 (MMH-1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S13-like, H2TH (InterPro:IPR010979), DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding (InterPro:IPR015886), DNA glycosylase/AP lyase, catalytic domain (InterPro:IPR012319), DNA glycosylase/AP lyase (InterPro:IPR000191); Has 11102 Blast hits to 10156 proteins in 2240 species: Archae - 10; Bacteria - 5065; Metazoa - 1812; Fungi - 570; Plants - 321; Viruses - 42; Other Eukaryotes - 3282 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:19560043..19562855 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43196.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 390 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPELPEVEAA RRAIEENCLG KKIKRVIIAD DNKVIHGISP SDFQTSILGK TIISARRKGK NLWLELDSPP FPSFQFGMAG AIYIKGVAVT KYKRSAVKDS 101: EEWPSKYSKF FVELDDGLEL SFTDKRRFAK VRLLANPTSV SPISELGPDA LLEPMTVDEF AESLAKKKIT IKPLLLDQGY ISGIGNWIAD EVLYQARIHP 201: LQTASSLSKE QCEALHTSIK EVIEKAVEVD ADSSQFPSYW IFHNREKKPG KAFVDGKKID FITAGGRTTA YVPELQKLYG KDAEKAAKVR PAKRGVKPKE 301: DDGDGEEDEQ ETEKEDESAK SKKGQKPRGG RGKKPASKTK TEESDDDGDD SEAEEEVVKP KGRGTKPAIK RKSEEKATSQ AGKKPKGRKS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)